비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용방법

종교단체가 특례 대상 의료업과 다른 수익사업을 함께 영위하는 경우 해당 의료업 수익사업소득에 대하여만 100%의 고유목적사업준비금 설정 가능함

[회신] 종교보급과 교화사업을 고유목적사업으로 하는 비영리법인인 종교단체가 수익사업인 출판업과「조세특례제한법」제74조제4항에 따른 특례 대상 의료업을 함께 영위하는 경우 해당 종교단체는 의료업에서 발생한 수익사업소득의 전액과 출판업에서 발생한 수익사업소득의 100분의 50을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있으며, 해당 종교단체가 의료업 수익사업소득의 전액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정한 경우, 해당 수익사업소득의 100분의 50에 해당하는 고유목적사업준비금은 본래의 고유목적사업인 종교보급 및 교화사업과 「법인세법 시행령」 제56조제6항제3호에 따른 의료기기 취득 등의 고유목적사업(이하 “의료목적사업”)이나 지정기부금 지출에 제한 없이 사용할 수 있으나, 의료업 수익사업소득의 100분의 50을 초과하는 금액에 상당하는 고유목적사업준비금은 의료목적사업이나 지정기부금 지출에만 사용할 수 있는 것임 1. 질의내용 ○ (질의1) ｢조세특례제한법｣ 제74조 제4항 에 따른 고유목적사업준비 금 손금산입 특례를 적용받을 수 있는 의료기관을 운영하는 비영리 법인이 의료업 외 다른 수익사업을 영위하는 경우 전체 수익사업 소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입이 가능한지 여 부 ○ (질의2) 의료업에서 발생한 소득에 대해 설정한 고유목적사업준비 금 을 종교보급 및 교화사업 또는 의료기기 취득 등의 고유목적사업에 제한 없이 사용이 가능한지 여부 2. 사실관계 ○ A법인은 종교의 보급 및 기타 교 화를 고유목적사업으로 하는 비영리 공익법인으로서 수익사업으로 출판업과 보건업(종합병원)을 영위하고 있으며 각 사업별로 구분기장 하고 있음 ○ 보건업을 운영하는 종합병원은 A법인의 지점으로 전남 ** 시에 소재하고 있어 ｢조세특례제한법｣ 제74조 제4항 에 따라 수익사업소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금에 산 입할 수 있음 * 인구 30만명 이하로 국립대학병원 또는 사립학교 운영병원이 소재하고 있지 아니한 지역 3. 관련법령 ○ 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손 금 산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정 하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에 서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업 준 비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금 액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우 에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감 한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해 당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 1. 다음 각 목의 금액 가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영 업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다 만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과 세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과 되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다. 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복 지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사 업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지 출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제 2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법 인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서 에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확 정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국 법 인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액 을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계 (相 計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직 전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비 금에서 지출한 것으로 본다. ④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법 인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적 으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준 비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다. ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 을 계산할 때 익금에 산입한다. 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다) 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항 에 따라 승인 이 취소되거나 거주자로 변경된 경우 4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5 년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다) ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비 영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하 는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다. ⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관 에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국 법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이 상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다. 1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지 출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조 에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사 업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액 가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2 조 제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하 는 용도로 지출하는 금액 다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금 액 ○ 법인세법 시행규칙 제29조의2 【의료기기 등의 범위】 ① 영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정 하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다. 1. 병원 건물 및 부속토지 2. 「의료기기법」에 따른 의료기기 3. 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시 스템 설비 ② 영 제56조제6항제3호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 용도"란 해외에서 사용하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 제1항제1호에 따른 병원 건물 및 부속토지를 임차하거나 인테리 어 하는 경우 2. 제1항제2호에 따른 의료기기 또는 같은 항 제3호에 따른 정보시스템 설비를 임차하는 경우 ③ 영 제56조제6항제3호다목에서 "기획재정부령으로 정하는 연구개 발사업"이란 「조세특례제한법 시행령」 별표 6 제1호가목에 따른 자체연구개발사업과 같은 호 나목에 따른 위탁 및 공동연구개발사업을 말한다. ○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12 월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 를 적용하 는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제 4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가.「사립학교법」에 따른 학교법인 나.～바. (생략) 2.「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가. 「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 및 「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원 나.～사. (생략) 4.「도서관법」에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인 5. 「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인 6.～9. (생략) ④ 수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대 통령령 으로 정하는 지역에 「의료법」 제3조제2항제1호 또 는 제3호의 의료 기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법 인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 를 적 용하는 경우 그 법인의 수익 사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. ○ 조세특례제한법 시행령 제70조 【고유목적사업준비금의 손금산 입】 ⑤ 법 제74조제4항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말 한다. 1. 인구수가 30만명 이하인 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유 도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 제주특별자치도에 두 는 행정시를 포함한다)ㆍ군 지역 2.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 또는 「사립학교 법」 에 따른 사립학교가 운영하는 병원이 소재하고 있지 아니한 지역